A mongol támadás után IV. Béla király visszatért és hozzákezdett az ország elpusztult részeinek újjáépítéséhez. Ennek során az egresi apátság rendbetételére is sor került, ám a renovációs munkálatok nem jelentették az apátság teljes újjáépítését. Béla király a kunokat is visszacsalogatta az országba és letelepítette őket az Alföldre. Akkoriban a török nyelvű népcsoport a királyi hadsereg fő bázisát jelentette. A kunok nehezen integrálódtak a korabeli magyar gazdasági és politikai rendszerhez, így betagozódásuk hosszabb időszakot jelentett. Később Béla unokája, IV. László a pártokra szakadt főurakkal szemben még inkább a kunokra támaszkodott. A király és a főurak közt elmérgesedett viszonyban az egyház próbált közvetíteni. A békéltető szereppel megbízott pápai legátus azonban Magyarországra érve a pogánynak tartott kunok ellen fordult. IV. László, hogy külpolitikai és belpolitikai helyzetét is konszolidálja, felvállalta a kunok addigi jogainak korlátozását. Ez a kunokban elégedetlenséget váltott ki.

Ezen eseménysorozat közvetlenül is érintette Egrest. Az apátság ebben az időben kitüntetett figyelemben részesült, ugyanis IV. László a kolostorban őriztette a kincstár egy részét, mert a terület távol esett az osztrák támadásoknak kitett dunántúli régiótól. Azonban a királlyal szembefordult kunok megtámadták a kolostort. A kun háború azonban nem okozott akkora károkat, mint a mongol pusztítás, mert amint a kunok hírét vették a királyi sereg érkezésének, felhagytak az ostrommal. Később IV. László biztosan megfordult Egresen. Erről tanúskodik az 1288. szeptemberében innen keltezett oklevele. Valószínűleg 1290-re tehető egy másik Egresben íródott királyi oklevél is, amiben az uralkodó a Toxun-nal határos Zoych birtokról ítélkezett. III. András király is támogatta az apátságot, így 1299-ben megerősítette Egyed egresi apát kérelmét, melyet az apátság V. Istvántól kapott. Ennek értelmében apátság csak a király illetősége alá tartozott, más felettük joghatóságot nem gyakorolhatott.