Spre cea de-a doua jumătate a secolului al XIV-lea, mănăstirea Egres își pierduse din importanța de odinioară, chiar și izvoarele documentare o pomeneau din ce în ce mai rar. În veacul al XV-lea, în general toate ordinele monastice au pierdut teren, fenomen ce nu i-a ocolit nici pe cistercieni. Abația Egres a sărăcit, iar unii călugări nu s-au dat în lături nici de la sustragerea unor piese liturgice. În timpul domniei lui Vladislav al II-lea s-au petrecut multe schimbări importante. În perioada cuprinsă între 1499-1514, pe baza hotărârii Dietei și cu acordul papei, mănăstirea a fost trecută sub autoritatea episcopatului Cenadului. Cistercienii au părăsit mănăstirea. După 1516, clădirile complexului monastic au fost ocupate de trupele lui Ioan Zapolya. Nicolaus Olahus nota în lucrarea sa editată în 1536 că Egres era o fortificație importantă.

După moartea lui Ioan Zapolya, fiul acestuia a primit de la Suleyman Magnificul dreptul de stăpânire asupra părții estice a regatului. Deciziile politice erau însă luate în locul lui Ioan Sigismund de către Gheorghe Martinuzzi, sfetnicul tatălui său. Bine-cunoscutul personaj, un călugăr paulin, plănuia să predea Habsburgilor teritoriul aflat sub autoritatea lui Ioan Sigismund. Urzeala însă a ieșit la iveală prea repede, fapt soldat cu răzbunarea sultanului. Aflându-se în miezul unui conflict, celălalt tutore al lui Sigismund, Petru Petrovici, și regina Izabela s-au aliat cu sultanul. Trupele lor au ocupat fortificațiile stăpânite de Martinuzzi, printre care figura și Egres, dar după puțin timp, armata călugărului a reușit să recucerească fortificația de la Egres. Un an mai târziu, în 28 septembrie 1551, odată cu cucerirea Cenadului, beilerbeiul Mehmet a asediat și distrus și fortificația Egres.