Cercetările arheologice sistematice au început în luna iunie a anului 2016. Echipa de cercetare compusă din experți și specialiști din România și Ungaria a deschis mai multe suprafețe de dimensiuni relativ reduse (5x5 m), amplasate în aria bisericii mănăstirii. Scopul era verificarea zonei de întretăiere a navei și a transeptului bisericii, susceptibilă a fi locul în care au fost amplasate mormintele regale. Fundațiile bisericii s-au păstrat sub pământ într-o stare de conservare foarte bună, ceea ce a permis studierea modului de construcție a zidurilor, care în dreptul fundației sudice au o grosime de 2 m. Datorită faptului că pe parcursul secolului al XIX-lea clădirile nu au fost demolate în totalitate, fundațiile păstrate prezintă un traseu continuu. A fost identificat și nivelul pavajului bisericii, sub care s-au găsit peste 50 de morminte din secolele XIV-XV și o groapă comună cu fragmente de corpuri umane și fragmente arhitecturale, ce poate fi legată de evenimentele tragice din timpul invaziei mongole. Cercetările din această zonă au întâmpinat anumite dificultăți datorită prezenței, la mică distanță, a cursului Mureșului, având ca rezultat o pânză freatică destul de ridicată.

În anul 2017 s-a continuat cercetarea gropii comune. Au fost făcute noi descoperiri extrem de interesante, printre care trebuie să amintim fragmentele unui obiect de cristal sculptat care are analogii pe teritoriul bazinului carpatic, inclusiv pe sceptrul regal folosit la încoronările regilor maghiari. S-a mai găsit o bază de coloană, un cap uman sculptat în marmură roșie și fragmentul unui batant de ușă de lemn. Aceste descoperiri unice reprezintă dovada bogăției artistice și culturale de odinioară a abației. Pe parcursul cercetărilor au fost descoperite alte morminte medievale care contribuie la cunoașterea detaliată a trecutului locului. Alături de metodele tradiționale de cercetare arheologică s-a recurs și la tehnici de documentare moderne: fotogrametria suprafețelor săpate, realizarea de fotografii aeriene cu ajutorul dronei și măsurători topografice.